File-Settings-Editor-File Types
比如，我之前把 Sqlite 的文件，.db结尾的标记成 sql 文件了，就从 Recognized File Types 里找到 SQL 从下方删除 *.db 扩展名

新版 Gnome 桌面的 bug，换回 Gnome Classic 就一切正常了。
看来我是低估这个问题了，简直就是玄学问题。如果从命令行用 startx 来启动图形界面那么一切正常。原因还在查找中。